SpaFactor: 경량 공간 맥락 인식 유전자 프로그램 모델링
SpaFactor: Lightweight Spatial Context-Aware Gene Program Modeling for Histology-to-Transcriptomics Inference
SpaFactor는 조직 구조 내에서 유전자 발현을 프로파일링하는 공간 전사체학(ST)의 비용과 실험 복잡성을 해결하기 위한 경량의 효율적인 저차원 형태-프로그램-유전자 분해 프레임워크이다. SpaFactor는 중앙 지점의 시각적 표현과 다중 규모의 지역 맥락을 융합하여 세포 형태와 미세 환경 이질성을 포착하는 조직학적 표현을 생성한다. 이 모델은 잔여 MLP를 사용하여 조직 미세 환경에서 저차원 잠재 유전자 프로그램으로 비선형 매핑을 안정적으로 학습하며, 다중 유전자 발현 예측을 위한 공유 유전자 로딩을 통해 이러한 활동을 디코딩한다. SpaFactor는 다섯 개의 공개 코호트에서 최상의 집합 성능을 달성하고, 특히 공간적으로 변동성이 큰 유전자에 대해 명확한 개선을 보인다.
SpaFactor는 경량 모델링을 통해 예측 정확도와 생물학적 충실도를 향상시킬 수 있다.
원문 출처
arXiv cs.LG (머신러닝)